Uma delas é a tarifa de consumo, cobrada proporcionalmente ao volume de água efetivamente retirado pelas operadoras estaduais nos pontos de entrega. O valor deve ser usado para cobrir custos variáveis do empreendimento, como a energia elétrica utilizada para o bombeamento e a taxa de administração do projeto de transposição. Ela custa R$ 0,801 por metro cúbico.

Já tarifa de disponibilidade de água, que custa R$ 0,244 por metro cúbico, se refere à cobrança para cobrir a parcela fixa dos custos decorrentes da operação do programa, como operação e manutenção da infraestrutura, cobrança pelo uso de recursos hídricos e gastos fixos com energia elétrica, que serão cobrados independente do bombeamento de água.